Законы образования групп, и их законов.

[неэтолог]

это, по моему разумению, напрямую указывает нам на существование "второго фактора", который никак не затрагивался при операции удаления амигдалы, но который повлиял на то, что второй оперируемый после удаления амигдалы занял ступеньку выше первого, хоть и в самом низу пирамиды, и на то, что после удаления амигдалы у третьего испытуемого, ситуация с иерархией вообще никак не изменилась.

Значит, должны мы были бы сделать вывод, фактор с проявлением агрессии к этому моменту перестал быть самым важным для определения статуса в группе, и его место занял другой фактор, который, скорее всего, и вышел на первый план.

Предполагаю, что этот другой фактор и есть реакция при стрессе А\Б.
В доминанты прорываются представители А.
В самом низу иерархии также находятся представители А.

Опыт с операциями показал следующее:
- Первый оперируемый был ультра А и агрессивен, без агрессии скатился в самый низ
- Второй оперируемый был просто А и агрессивен, без агрессии скатился вниз, но поскольку он просто А, то стал выше чем ультра А
- Третий оперируемый был Б. Ему для его роли вообще не нужна агессивность. Поэтому без агрессивности он остался на месте.

Если бы третий тоже был бы А, то скатился бы вниз и он.

Получается, что роль играют минимум два фактора, как ты и говорил.
А расклад карт может быть вот таким (исходя из правила, что А либо доминанты либо омеги, а Б всегда посредине), (Б просто "умнее" поэтому они не лезут в доминанты и омегами не становятся).
И третьего оперируемого с Б просто искусственно вынесло на верх пирамиды, ему просто деваться уже некуда, он самый "умный" среди остальных Б, поэтому фактор агрессии уже не сработал.

Насчет крыс не знаю, это все же не совсем стайные животные.
Мне нужно время на подумать. Но не факт, что придумаю, очень трудный вопрос. Лучше помогай, придем быстрее к результату.